{"id":91692,"date":"2016-12-29T15:14:14","date_gmt":"2016-12-29T14:14:14","guid":{"rendered":"http:\/\/www.pauljorion.com\/blog\/?p=91692"},"modified":"2016-12-29T15:15:00","modified_gmt":"2016-12-29T14:15:00","slug":"dynamiques-cellulaires-et-autres-reseaux-les-jumeaux-sont-ils-des-oiseaux-par-timiota","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.pauljorion.com\/blog\/2016\/12\/29\/dynamiques-cellulaires-et-autres-reseaux-les-jumeaux-sont-ils-des-oiseaux-par-timiota\/","title":{"rendered":"Dynamiques cellulaires et autres r\u00e9seaux : les jumeaux sont-ils des oiseaux ? par Timiota"},"content":{"rendered":"
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Billet invit\u00e9. Ouvert aux commentaires.<\/p>\n<\/blockquote>\n

J’extrais cette phrase c\u00e9l\u00e8bre en anthropologie (\u00ab\u00a0les jumeaux sont des oiseaux\u00a0\u00bb disent les Nuers du Soudan, voir Pourquoi \u2013 selon nous \u2013 les jumeaux ne sont pas des oiseaux<\/a>) pour parler de la dynamique \u00ab\u00a0darwinienne\u00a0\u00bb de la diff\u00e9renciation cellulaire, telle que S. Huet en rend compte<\/a> (au sujet d’un article de A. Richard de l’\u00e9quipe de O. Gandrillon avec J.-J. Kupiec) et de celles d’autres r\u00e9seaux.<\/p>\n

La question qui se pose pour la diff\u00e9renciation cellulaire est celle du type de r\u00e9gulation qui la contr\u00f4le : Y a-t-il un capitaine dans le bateau \u00ab\u00a0cellule\u00a0\u00bb ? Une tendance lourde en biologie a \u00e9t\u00e9 de chercher (et souvent trouver) les g\u00e8nes r\u00e9gulant l’expression<\/strong> d’autres g\u00e8nes (c’est-\u00e0-dire la lecture de leur ADN, le passage en ARN, et la formation par la lecture de l’ARN dans la machinerie ribosomale de prot\u00e9ines qui \u00ab\u00a0font le boulot\u00a0\u00bb : les enzymes et autres, capables de synth\u00e9tiser la panoplie mol\u00e9culaire dont les cellules ont besoin pour m\u00e9taboliser, r\u00e9parer, r\u00e9nover leur membranes, d\u00e9faire les attaques — l’immunit\u00e9 — etc.).<\/p>\n

La question de d\u00e9tail est celle des r\u00e9gulateurs et des \u00ab\u00a0capitaines dans le bateau\u00a0\u00bb , c’est-\u00e0-dire des r\u00e9gulateurs de r\u00e9gulateurs.<\/p>\n

En gros, cela existe pour une cellule en \u00e9tat stationnaire, devant faire face \u00e0 des stress (moins d’oxyg\u00e8ne, trop de salinit\u00e9 ou d’acidit\u00e9, pour prendre les stress chimiques les plus accessibles). Cela correspond \u00e0 la notion de \u00ab\u00a0chemin de signalisation\u00a0\u00bb (signalling path<\/em> , ici<\/a> en fran\u00e7ais, sans doute + d\u00e9velopp\u00e9 en anglais, l’inflammation et les cytokines de ces \u00ab\u00a0chemins\u00a0\u00bb sont investigu\u00e9es fortement car m\u00e9dicalement solvables !). La question de la croissance, donc de la formation de l’individu et des cellules diff\u00e9renci\u00e9es qu’il contient est plus complexe. Elle pose rien moins que la question du mod\u00e8le du g\u00e8ne comme \u00ab\u00a0grand maitre et capitaine\u00a0\u00bb. On peut penser aux grandes remises en cause du mod\u00e8le mendelien. L’une eut lieu sous Staline qui privil\u00e9gia les th\u00e8ses de Lyssenko. Lyssenko voua le mend\u00e9lisme (et ses tenants des acad\u00e9mies sovi\u00e9tiques) aux g\u00e9monies, \u00e9tant le grand proposeur de la \u00ab\u00a0vernalisation\u00a0\u00bb, une modification des germes directement par traitement de la graine, cens\u00e9e am\u00e9liorer l’individu \u00ab\u00a0sans vraiment toucher \u00e0 son g\u00e8ne\u00a0\u00bb dirions nous aujourd’hui.<\/p>\n

L’agriculture portait \u00e0 donner cr\u00e9dit \u00e0 ces th\u00e8ses qui furent support\u00e9es par des gens pas b\u00eates comme Lamarck (le cou de la girafe s’allonge d’une g\u00e9n\u00e9ration sur l’autre parce que la girafe tire dessus, cela pr\u00e9pare \u00ab\u00a0quelque chose\u00a0\u00bb dans la g\u00e9n\u00e9ration suivante), et nous semblent \u00e9tranges \u00e0 nous qui avons accept\u00e9 le darwinisme. Toutefois, les p\u00e9pini\u00e9ristes et sp\u00e9cialiste des fruits (\u00ab\u00a0pomologues\u00a0\u00bb) ne raisonnent pas tous sur la g\u00e9n\u00e9tique mend\u00e9lienne. On greffe, etc. Mitchourine, un p\u00e9pini\u00e9riste qui permit les explorations sovi\u00e9tiques en agriculture \u00e0 grande \u00e9chelle et fut de m\u00e8che avec Lyssenko, pouvait servir de \u00ab\u00a0point d’appui\u00a0\u00bb \u00e0 ces d\u00e9veloppements certes hasardeux dans les ann\u00e9es 1930.<\/p>\n

Depuis vingt ans, une bousculade au sch\u00e9ma de l’h\u00e9r\u00e9dit\u00e9 standard est surtout venu de l’\u00e9pig\u00e9n\u00e9tique. Des modifications (la m\u00e9thylation d’une des quatre bases de l’ADN) caus\u00e9es par des stress se transmettent, jusqu’\u00e0 trois ou quatre g\u00e9n\u00e9rations, et modulent l’expression du patrimoine g\u00e9n\u00e9tique.<\/p>\n

Mais l’article dont parle Huet fait la part belle \u00e0 un certain darwinisme au sein m\u00eame de la cellule en diff\u00e9renciation : en gros, il n’y a pas de capitaine dans le bateau. La situation est plus proche de celle d’un essaim d’\u00e9tourneaux, qui vole un certain temps dans une direction, puis collectivement en prend une autre.<\/p>\n

De ce fait au moment du changement de direction, le d\u00e9sordre est maximal (la d\u00e9cision collective n’est act\u00e9e qu’apr\u00e8s une phase de resynchronisation). Dans les \u00e9tourneaux, on observe plus d’individus \u00ab\u00a0indisciplin\u00e9s\u00a0\u00bb au moment des grands virages, ou quand il s’agit d’aller se poser sur un arbre notamment.<\/p>\n

C’est tout le r\u00e9seau complexe de dizaines de prot\u00e9ines et s\u00e9quences d’ADN, interagissant entre elles, qui poss\u00e8de en r\u00e9alit\u00e9 plusieurs attracteurs stables (deux attracteurs dans le cas simple \u00e9tudi\u00e9 par A. Richard et al. :\u00a0 des cellules de poulets qui vont ou pas devenir des globules rouges, des \u00ab\u00a0\u00e9rythrocytes\u00a0\u00bb).<\/p>\n

En pr\u00e9sence d’un stress ad\u00e9quat (des produits chimiques qui baignent les cellules) on observe \u00e0 l’\u00e9chelle des cellules individuelles tout un tas de configurations interm\u00e9diaires variables, qui s’\u00e9loignent \u00e9norm\u00e9ment de la moyenne qu’on observait jusque l\u00e0. On a eu recours pour ce faire \u00e0 l’analyse individuelle de l’expression de centaines de cellules individuellement \u00e0 des moments pr\u00e9cis du cycle de diff\u00e9renciation (0h, 8h, 24h, 48h, 72h ), \u00e0 l’aide de la technique de qPCR et RT-qPCR que je ne vais pas d\u00e9tailler ici.<\/p>\n

L’image qui en r\u00e9sulte est que le stress d\u00e9r\u00e8gle le r\u00e9seau de r\u00e9gulation qui \u00e9tait stabilis\u00e9 sur l’attracteur initial, et cause dans chaque cellule al\u00e9atoirement des expressions \u00ab\u00a0d\u00e9r\u00e9gul\u00e9es\u00a0\u00bb de prot\u00e9ines jusque l\u00e0 inhib\u00e9es par exemple, mais avec une tr\u00e8s grande variabilit\u00e9 d’une cellule \u00e0 l’autre et un grand \u00ab\u00a0espace de configuration\u00a0\u00bb sond\u00e9 dans chaque cellule (une grande entropie dans chaque cellule dit l’article). Ce d\u00e9sordre permet ensuite au syst\u00e8me de retrouver le nouveau bassin d’attraction, celui o\u00f9 la cellule se \u00ab\u00a0verrouille\u00a0\u00bb dans son \u00e9tat diff\u00e9renci\u00e9. Et cet \u00e9tat devient rapidement irr\u00e9versible, sans doute par \u00ab\u00a0asym\u00e9trie\u00a0\u00bb : incapacit\u00e9 de produire des prot\u00e9ines qui permettraient l’expression des prot\u00e9ines de la cellule avant diff\u00e9renciation.<\/p>\n

Ah, asym\u00e9trie, cela fait penser (i) \u00e0 la thermodynamique irr\u00e9versible (qui existe \u00e0 l’\u00e9chelle mol\u00e9culaire du m\u00e9tabolisme mais aussi visiblement \u00e0 d’autres \u00e9chelles : celles de la croissance puis du vieillissement des individus… alors aussi \u00e0 l’\u00e9chelle des cellules, donc) et (ii) aux aspects du langage d\u00e9velopp\u00e9s par Paul Jorion (entre autres dans \u00ab\u00a0Comment la v\u00e9rit\u00e9 et la r\u00e9alit\u00e9 furent invent\u00e9es\u00a0\u00bb<\/a>), qui voit l’asym\u00e9trie du langage grec comme la source de notre capacit\u00e9 d’axiomatisation mod\u00e9lisatrice (non brid\u00e9e ajouterais-je, en \u00e9conomie par exemple au hasard), qui lui donne une mani\u00e8re \u00ab\u00a0vraie\u00a0\u00bb de s’\u00e9loigner de la r\u00e9alit\u00e9. Alors que dans le mode de pens\u00e9e associatif \u00ab\u00a0les jumeaux sont des oiseaux\u00a0\u00bb, le discours s’associe \u00e0 la r\u00e9alit\u00e9 sans besoin de v\u00e9rit\u00e9.<\/p>\n

Pour donner des conclusions et des perspectives, ce qui me semble nouveau par rapport \u00e0 d’autres connaissances sur la signalisation cellulaire et ses circuits hautement compliqu\u00e9s est l’application \u00e0 la croissance. La croissance est assez difficile \u00e0 \u00e9tudier parce que le terrain est \u00ab\u00a0en pente\u00a0\u00bb et glissant. Ce n’est pas comme un tissu ou une culture stabilis\u00e9e sur laquelle on peut faire des tests simples du genre comparaison des effets avant\/apr\u00e8s, vu que avant et apr\u00e8s diff\u00e8rent radicalement.<\/p>\n

C’est donc dans ce cadre de la croissance qui n’est pas neutre pour d\u00e9finir ce qu’est un individu qu’une forme de \u00ab\u00a0darwinisme\u00a0\u00bb un peu light quand m\u00eame (changement d’attracteur par mise en route d’un al\u00e9a) intervient. Sans doute des configurations avec plus d’attracteurs ouvriraient la voie \u00e0 encore plus de red\u00e9finition de ce qu’est un individu, ses points de stabilit\u00e9, et en quoi sa croissance peut encore d\u00e9terminer ce qu’il est comme ensemble de cellules, puisque cet ensemble est affect\u00e9 par la diff\u00e9renciation. Mais le moment pour intervenir est assez bref, pas tr\u00e8s loin de l’ \u00ab\u00a0empreinte\u00a0\u00bb de Konrad Lorenz pour les oies bien connues.<\/p>\n

J’ai sous le coude un autre sujet qui \u00e9merge en biologie (merci \u00e0 Marie-Paule Nougaret de l’avoir point\u00e9 ) : le \u00ab\u00a0Gene Drive\u00a0\u00bb<\/a>, malheureusement pas en fran\u00e7ais, assist\u00e9 de la machinerie CRIPSR\/Cas9. L\u00e0 il s’agit de r\u00e9pandre des g\u00e8nes par auto-modification tr\u00e8s dirig\u00e9e, mais on met dans la nature \u00e0 la fois les bouts de g\u00e8nes qu’on veut mettre dans tel moustique, et la paire de ciseau gratuite qui peut aller se balader un peu n’importe o\u00f9. J’esp\u00e8re y revenir dans pas longtemps.<\/p>\n

J’ose aller un peu plus loin que la biologie pour des analogies certes un peu gratuites, mais, je l’esp\u00e8re, stimulantes :<\/p>\n

Par un retour en arri\u00e8re de ce cheminement que subit en ce moment la biologie du d\u00e9veloppement et qui remet en cause \u00ab\u00a0le g\u00e8ne\u00a0\u00bb en tant que capitaine du bateau (il est juste \u00ab\u00a0semeur de futurs possibles\u00a0\u00bb), on peut imaginer dans un tout autre domaine qui est celui de notre cerveau, que la psychologie est aussi difficile l\u00e0 o\u00f9 elle participe d’effet irr\u00e9versibles (comme la croissance).<\/p>\n

Les effets plus ou moins irr\u00e9versibles sont, grosso modo les n\u00e9vroses et les psychoses. Dans cette analogie (lire \u00ab\u00a0Principe des syst\u00e8mes intelligents\u00a0\u00bb<\/a> de Paul Jorion si vous \u00eates allergique au Freud usuel des psychanalystes comme je l’\u00e9tais), les n\u00e9vroses restent environn\u00e9es de r\u00e9seaux reconfigurables qui pourront, si tout va bien, annihiler les effets les plus inhibants ou d\u00e9l\u00e9t\u00e8res (d\u00e9pressions,\u00a0 TOC, ) de la partie irr\u00e9versiblement engrav\u00e9e. S’agissant des psychoses, l’atteinte au r\u00e9seau fait qu’elles restent, incontournablement, \u00ab\u00a0au milieu du carrefour\u00a0\u00bb, au toucher de la conscience et de pas mal d’autres m\u00e9canismes psychiques. Cela congestionne toute tentative de reconfiguration mn\u00e9sique, on doit \u00ab\u00a0vivre avec\u00a0\u00bb sans pouvoir surmonter l’affection (cf. Jorion [1989] 2012 : 117-118).<\/p>\n

Pour l’\u00e9conomie, enfin, comment dire ? Le truc qui reste \u00ab\u00a0psychotiquement\u00a0\u00bb au milieu du carrefour et qui bloque notre envie d’empathie assez bien c\u00e2bl\u00e9e pour qu’on ait surv\u00e9cu pas mal de centaines de milliers d’ann\u00e9es comme homini(d\/n)\u00e9s s’appelle peut-\u00eatre le syst\u00e8me capitaliste. Ou plus simple, le capital tout seul, car quand il est en gros tas, il parait qu’on ne doit plus le d\u00e9ranger, on attend juste que ceux qui sont en haut provoquent quelques avalanches quand ils gigotent beaucoup.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

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Billet invit\u00e9. Ouvert aux commentaires.<\/p>\n<\/blockquote>\n

J’extrais cette phrase c\u00e9l\u00e8bre en anthropologie (\u00ab\u00a0les jumeaux sont des oiseaux\u00a0\u00bb disent les Nuers du Soudan, voir Pourquoi \u2013 selon nous \u2013 les jumeaux ne sont pas des oiseaux<\/a>) pour parler de la dynamique \u00ab\u00a0darwinienne\u00a0\u00bb de la diff\u00e9renciation cellulaire, telle que […]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[3627,1,9],"tags":[1342,5150,3622,5153,5152,941,5151],"class_list":["post-91692","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-biologie","category-economie","category-psychanalyse","tag--comment-la-verite-et-la-realite-furent-inventees-","tag-cellule","tag-darwinisme","tag-ivan-mitchourine","tag-lamarck","tag-principes-des-systemes-intelligents","tag-trofim-lyssenko"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.pauljorion.com\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/91692","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.pauljorion.com\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.pauljorion.com\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.pauljorion.com\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.pauljorion.com\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=91692"}],"version-history":[{"count":5,"href":"https:\/\/www.pauljorion.com\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/91692\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":91703,"href":"https:\/\/www.pauljorion.com\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/91692\/revisions\/91703"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.pauljorion.com\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=91692"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.pauljorion.com\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=91692"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.pauljorion.com\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=91692"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}