Allemagne – Le taux de reproduction du coronavirus calculé sur 4 jours remonte à 2,88 (!?), par Alexis Toulet

L’institut Robert Koch, équivalent allemand de ce qu’est l’institut Pasteur chez nous, publie chaque jour un rapport détaillé sur la situation épidémiologique outre-Rhin.

Leur livraison du 21 juin affiche un taux de reproduction R du virus calculé sur 4 jours qui serait remonté à 2,88 ! Voir page 5. Il y a là de quoi surprendre et inquiéter, sachant que c’est presque l’équivalent le taux de reproduction R0 en l’absence de toute mesure de lutte contre le virus, généralement évalué entre 3 et 4.

Plus précisément, la valeur R estimée sur les 4 derniers jours est à 2,88 (intervalle à 95% 2,16 – 3,73) et celle sur les 7 derniers jours est à 2,03 (intervalle à 95% 1,60 – 2,49). De toute façon très au-delà de la valeur charnière de 1 à laquelle le virus continue à circuler sans s’éteindre mais sans non plus réexploser.

Il faut sans doute tenir compte de l’avertissement de l’Institut comme quoi leur calcul de R est particulièrement sensible, notamment lorsque le nombre de cas est petit

Cette valeur réagit de manière sensible aux variations à court terme du nombre de cas, comme celles causées par des épidémies individuelles. Cela peut entraîner des fluctuations relativement importantes, surtout si le nombre total de nouveaux cas est faible

Il faut encore garder à l’esprit que ce calcul est basé sur une prévision immédiate (nowcasting) c’est-à-dire une projection de très court terme.

Mais même avec ces mises en garde, il reste que cette évaluation, qui comme l’explique l’Institut “reflète l’infection d’il y a environ une à deux semaines” est nettement inquiétante.

Ci-dessous, la courbe des contaminations en Allemagne en fonction du temps publiée le 21 juin
Abscisse = Date de début de maladie
Ordonnée = Nombre de nouveaux cas
Bleu foncé = Date de début de maladie indiqué
Gris = Date de début de maladie imputé
Bleu clair = Prévision immédiate
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21 réflexions sur « Allemagne – Le taux de reproduction du coronavirus calculé sur 4 jours remonte à 2,88 (!?), par Alexis Toulet »

  1. La faute au “facteur k”, ou ici en clair, la faute à un seul gros cluster :
    Celui de l’abattoir près de Cologne, à Rheda-Wiedenbruck
    https://www.dw.com/en/coronavirus-german-slaughterhouse-outbreak-crosses-1000/a-53883372

    Un peu comme en Chine avec le marché de Fandanxi,
    …on est face à un champ de mines, avec de temps en temps une qui explose fort.

    Et quand on a oublié, on va de nouveau se balader là où l’herbe a repoussé avec les jolies fleurettes, et reboum.

    Sans vaccin, c’est parti pour être comme ça, si tout va “pas trop mal”, pendant des mois. C’est vrai qu’à la fin, quelques abattoirs ici, quelques championnats de foot là,
    tous appartenant pour l’instant à la catégorie large du “confinement humide et frais”, vont finir par mettre la clé sous la porte.

    Si ça va mal, on aura plein de mines lors d’une première période fraiche et humide le xx novembre.

    Les tentatives de \rayé{pari} déminage sont ouvertes

    1. En parlant de vaccin, n’a-t-on jamais abordé dans les grands médias un élément important qui est qu’il n’y a aucun vaccin contre un virus à ARN qui soit vraiment efficace ?
      Donc, qu’en attendant un vaccin, c’est comme si on attendait de gagner au Lotto ?

      1. @ Paul Jorion:

        Mais à votre connaissance, cela n’a jamais été mentionné dans les grands médias ?

        Parce que je me posais la question il n’y a pas si longtemps et il m’a tout d’un coup semblé hautement bizarre qu’on parle sans arrêt de vaccin, que des sommités du monde médical (professeurs de médecine, spécialistes des virus en tous genres, etc.) s’expriment régulièrement dans les médias, mais qu’aucun d’entre eux n’ait eu l’audace de dire “Eh les gars, le vaccin que vous attendez tous, il ne viendra jamais…”.

        C’est véritablement effrayant de se rendre compte de ce niveau de duperie et de mensonge par omission. Après le cirque lié aux masques (ils ne sont pas utiles, ils ne servent à rien, ils sont même dangereux, puis ah oui ils sont utiles), on va avoir celui lié au vaccin. Je ne parle même pas de celui de l’hydroxychloroquine et des études bidon destinées à décrédibiliser le produit.

      2. C’est un peu comme le coup des technologies qui vont nous sauver.
        On veut le beurre et la baguette grillé sans grille pain!
        Quitte à s’illusionner et manger du carton quand nos bedaines crient famines! Ouyayay

      3. NB: Dans le commentaire de @Bison je souligne en grasses ce qui est important…
        il n’y a aucun vaccin contre un virus à ARN qui soit vraiment efficace “…

      4. “vraiment” efficace … décodage par exemple pour la “grippe” commune annuelle : (= virus ARN : https://fr.wikipedia.org/wiki/Virus_%C3%A0_ARN )
        … ” Le vaccin antigrippal est le meilleur moyen à notre disposition pour prévenir la grippe et réduire le risque de complications graves, voire de décès. L’efficacité du vaccin peut varier d’une année à l’autre, selon les types de virus grippaux en circulation et leur adéquation au vaccin. Cela dépend également de l’état de santé et de l’âge de la personne vaccinée, ainsi que du temps écoulé depuis la vaccination.
        En moyenne, le vaccin prévient environ 60 % des infections chez les adultes en bonne santé âgés de 18 à 64 ans
        . Les vaccins antigrippaux sont efficaces environ 14 jours après la vaccination. ”
        dans https://www.euro.who.int/fr/health-topics/communicable-diseases/influenza/vaccination/influenza-vaccination-frequently-asked-questions

      5. Les virus à ARN sont plus sujets à mutation que ceux à ADN, surtout que l’ARN est une simple chaine de code génétique et que l’ADN est une double chaine, où l’un des brins peut servir de référence pour corriger les erreurs de copie (ce que ne permet pas l’ARN).

        Donc, au fur est à mesure que les virus à ARN mutent, plus rapidement que ceux à ADN, un éventuel vaccin existant devient moins efficace voire complètement inefficace. On parle en ce moment d’une nouvelle mutation importante qui rendrait le virus actuel encore plus dangereux. La question est donc de savoir contre quelle version du virus on va créer ce satané vaccin, puisqu’il évolue / va évoluer sans cesse ?

      6. Juste sans vérifier : ce coronavirus a un ADN long, donc encore plus sujet aux erreurs, en principe.
        S’il ne “se casse pas la figure”, c’est parce qu’il possèderait, ai-je cru comprendre, une partie plus auto-réparatrice
        dans l’attirail des 20 ou 30 protéines (de mémoire) qu’il code. En comptant celles qui sont créées post-traduction:
        Par clivage d’un gros machin.

        S’il est gros et a besoin de stabilité, il a un talon d’Achille.
        Dans un post d’il y a 3 semains à la grosse louche, je rappelais le mécanisme “toxine/antitoxine” propre aux cellules :
        Elles ont l’ADN qui code pour leur propre “curare” mais l’expression est réprimée par une antitoxine, produite quand, pour la cellule,
        tout va très bien (Mme la marquise). … mais si la cellule est déréglée par un virus étranger (au hasard)
        alors l’antitoxine n’est plus produite et le cellule se flingue (ce ‘est pas strito sensu l’apoptose, à vérifier).

        Bref, je ne suis pas super optimiste, mais “d’un prompt renfort…”, toutes ces équipes qui cherchent un talon d’Achille
        Vont en apprendre bcp sur l’anatomie dans la couronne du coronavirus.

  2. on est loin d etre sortis de l auberge on est dans une situation bien pire qu il y a 2 mois avec toutes ces emeutes en cours un peu partout , si ça tourne au vinaigre niveau contamination comment enclencher un deuxième confinement ??

    1. oeil pour oeil, dent pour dent, …. horde pour horde ? (immunité … ou “plus” si affinités ?)

  3. Les abattoirs…aux USA, en Allemagne
    Les tristes conditions de travails connues y sont similaires
    mais
    est-ce que ceci explique ces foyers d’infections ou existe-t-il un autre facteur?
    Je n’ai pas (encore) trouvé de réponse.

    1. Atmosphères humides dans pas mal de lieu dans l’abattoir + des supports favorables pour la survie du virus et sa transmission. Plus du personnel parfois en moins bonnes conditions de santé (horaires décalés, travail physique, atmosphères froides (et changements de température brusque selon les températures extérieures), absence de lumière naturelle au poste de travail…

  4. -Sur le R, le nombre de cas confirmé dépend du nombre de tests effectués. Le R devrait être calculé pour un nombre de tests identiques, dans une zone géographique déterminée.
    -Une information intéressante également serait de savoir si l’évolution clinique d’un cas confirmé est plutôt vers de l’asymptomatique…ce qui serait rassurant. On pourrait avoir une flambée de cas positif mais sans symptôme, donc un R élevé mais sans conséquence.
    -Donc il y a eu 1000 cas dans cette usine en Allemagne. Avec un taux de 15% de mortalité, cela nous fait 150 morts à prévoir… à vérifier dans une semaine. Bon s’ils ont tous moins de 40 ans, il n’y aura aucun mort…

    1. Non le concept d’un R avec plus de cas évoluant en assymptomatiques ou peu grave signifie un shift vers des patients detectés plus jeunes globalement ( donc aussi d’avantage de cas ratés et non isolés car les jeunes sont très peu symptomatiques et de gens à comportements plus a risque) donc en réalité une base de diffusion plus large qui pourrait ensuite diffuser vers les classes d’âge supérieure.

  5. C’est pas la deuxième fois qu’on évoque ici une “deuxième vague” chez nos voisins Germains… ? 😉

  6. La dernière livraison de l’institut Robert Koch en date d’aujourd’hui fait apparaître une forte baisse du taux de reproduction R (1) La valeur calculée sur 4 jours est redescendue à 0,72 et la valeur sur 7 jours à 1,17.

    Le premier commentaire de Timiota sur ce fil est confirmé, c’est bien le nouveau foyer dans l’abattoir géant en Rhénanie-du-Nord-Westphalie qui était derrière cette envolée du R ces derniers jours : “Les valeurs en forte hausse de ces derniers jours sont liées aux foyers locaux décrits dans la section “Epidémies”, l’épidémie de Rhénanie-du-Nord-Westphalie jouant un rôle particulièrement important”

    La question qui reste ouverte est de savoir si le reconfinement partiel mis en place en Allemagne dans deux cantons autour de l’abattoir sera suffisant pour enrayer la propagation :
    – D’un côté s’opposer aux mouvements de gens à l’extérieur de la petite région où ils vivent n’est pas si simple – y aura t il adhésion ?
    – De l’autre les outils de suivi des contaminations sont beaucoup plus développés qu’au début de l’année et la population est en général sensibilisée

    A voir la suite.

    (1) https://www.rki.de/DE/Content/InfAZ/N/Neuartiges_Coronavirus/Situationsberichte/2020-06-24-de.pdf?__blob=publicationFile voir page 9

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