La vie n’a jamais été qu’un grand souk !, par Timiota

Ouvert aux commentaires.

Je vous conseille très vivement le livre d’Eric Bapteste « Tous entrelacés », éd Belin. De fait, nous ne voyons de la vie « apprise à l’école en sciences nat » » qu’une vision simplifiée : les animaux les plantes et les êtres unicellulaires dont on va nous dire que ce sont amibes, bactéries et plancton.

Mais les gènes n’ont jamais été fixes en composition ni en « lieu » car ils n’ont pas non plus été créées « une fois pour toute » et il y a du « trafic » de toute sorte dans la vie. Comme il s’agit de disposer de protéines utiles au métabolisme, on peut soit l’assurer par un ADN « chez soi » (dans le noyau, auquel cas il faut aussi assurer le passage de l’enveloppe du noyau…), soit pour des choses « ancillaires », le faire faire par des organites comme les mitochondries ou les chloroplastes. Ce sont probablement d’anciennes formes vivantes dans des soupes antérieures, « domestiquées » par les cellules. Soit enfin le faire faire par d’autres : symbiose, et du coup la notion de « symbionte » pour l’être commun qui est l’union symbiotique des deux.

Ensuite, quand on observe où sont les parois des organites et comment se font les symbioses entre organismes, on s’aperçoit que c’est notre perception de ce qu’est un « être » qui est limitante. Je fais ma part de métabolisme, et je m’arrange avec « ce » qui fait le reste : c’est à l’extérieur, OK, je fais avec. Ah, à l’extérieur ça se fait bouffer ? Alors vient le moment où ces trucs extérieurs « rentrent » dans ma cellule, enveloppe comprise, ça arrivait « par accident », je vais le favoriser. Je les abrite, on mute ensemble, leur enveloppe peut disparaitre, on peut scinder encore les parties faites par l’organite et j’en récupère ou lui en donne un peu, je « relocalise » comme je veux la prod, si on veut (chacun son « plan quinquennal » 😉 ), etc.

Bref la vie a été un grand Souk.

On n’a fait qu’assez tard à la place de ce souk des « boutiques propres » avec « inscription au registre du commerce des espèces de Linné ». Et comme nous humains, sommes de ce côté là de la barrière (on croit qu’on n’est pas parasite, hmm…), on s’est fixé sur cette image d’être « gentiment » des lignées stables d’êtres reproducteurs (ovipares, vivipares, etc., ) avec un avantage évolutif à la sexualité, en terme de brassage génétique permanent limitant les risques de type consanguinité, vulnérabilité collective, etc. Et la biodiversité se résume dans cette vision à des ensembles de proies et prédateurs, et de chaines trophiques avec les plantes. Alors que sa partie « moléculaire » est aussi intéressante et même un peu plus tordue, car les « êtres » n’y ont plus de limite (pensez au « blob » pour une des rares version macroscopiques de chose pas nette, quoique la chrysalide est aussi un cas de figure pas triste, on dissout presque tout dans du jus et on recommence, ce qui est d’ailleurs la dynamique d’un peu toute les différenciations et qu’on a appris il y a dix ans : quitter de façon désordonnée un attracteur et laisser le plus proche ré-attirer ce qui doit l’être, pas besoin de « grand chef d’orchestre » pour la différenciation, du coup).

Donc les virus, c’est ce qui est resté de ces habitudes de « tractations du souk » qui ne se sont jamais arrêtés, et qui ont des « lignes de stabilité » de type attracteur (étrange ou pas).

Les parasitoses sont un autre flanc du grand souk. En enfin le « microbiome », nos milliards de bactéries dans l’intestin très précieuses pour notre métabolisme (indispensable même : pour faire des greffes d’intestin, quand on ne peut pas faire mieux que des greffes après avoir raccourci, on s’est rendu compte il y a douze ans à peu près qu’il était nécessaire de garder le contenu et de ne pas laver les tissus du donneur de leurs microbes, bien au contraire. C’était la condition du non rejet. Au point qu’on teste des « greffes de fèces » pour tenter de soigner l’autisme, en soupçonnant que certains aspects du système neurologique sont liés aux tripoux et à leur subtile flore.

Bonnes lectures !

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24 réflexions sur « La vie n’a jamais été qu’un grand souk !, par Timiota »

  1. Est ce que ça n’est pas une traduction tendancieuse de l’arabe Souk , aussi dramatique que cette traduction de l’anglais en distanciation sociale , énergiquement ( et finement ) rectifié en « éloignement prudentiel » par Paul Jorion ?

    L’économie de souk flirt elle avec le capitalisme et le libéralisme ?

    J’espère que Clo Clo aura ici sa démonstration nette et humaine que l’immunité de groupe est un concept justifié mais variable .

    1. Pffff, si ce que tu dis était véridique, ça serait la négation même de ce qu’il a écrit et du concept de souk ! Car ce dont tu parles présuppose une permanence et une stabilité totalement étranger au souk.

  2. « [ soupe dans la chrysalide, changement d’attracteur] … pas besoin de « grand chef d’orchestre » pour la différenciation, du coup »

    C’est plutôt confus (ma faiblesse, pas la vôtre) mais votre longue parenthèse mériterait un plus grand développement.

    Le changement d’attracteur n’est certainement pas laissé au hasard, quand on voit la complexité du papillon. Dire que ‘le plus proche prend la relève’ est un argument ad hoc, pas même le début d’une explication.
    En tout cas, la transformation réalisée dans la chrysalide est certainement mystérieuse.

    Je signale qu’un médecin m’a affirmé que nous avions presque autant de neurones dans le ventre, autour du système digestif, que dans le cerveau.
    La digestion est une action tellement compliquée, avec ses milliers d’interactions, qu’un dispositif contrôle-commande au plus près est nécessaire. Que ce système nerveux soit délocalisé, à la différence de la concentration sommitale, ne pose en réalité aucun problème.

    C’est peut-être ce qui existe dans la chrysalide: une organisation invisible dans le désorganisé mais néanmoins à la finalité parfaitement définie. Le chef d’orchestre est existe réellement mais discret, voilà tout. Reste à savoir ce qu’il reste du système nerveux de la chenille dans le papillon. S’est-il transformé lui aussi? Une auto-transformation est-elle concevable?

    En vous lisant, je me demande si vous saupoudriez vos rapports et compte-rendus, forcément arides, d’ échappées poëtiques. Ça n’aurait pas manqué d’allure…

    1. « Je signale qu’un médecin m’a affirmé que nous avions presque autant de neurones dans le ventre, autour du système digestif, que dans le cerveau. »

      Pas tout à fait quand même . Le système digestif inclut à peu près 500 millions de neurones (1) Le cerveau, entre 86 et 100 milliards (2)

      Il y a un facteur 200 entre les deux 🙂

      (1) https://lejournal.cnrs.fr/nos-blogs/aux-frontieres-du-cerveau/limage-de-la-semaine-le-ventre-notre-deuxieme-cerveau
      (2) https://fr.wikipedia.org/wiki/Neurone#Statistiques

    2. Merci Alexis pour la réponse sur les neurones du système digestif. J’étais resté sur un chiffre de l’ordre de 1000, va pour 200 comme ratio.

      Oui, chabian, mon directeur de thèse était un peu embêté de mon « langage fleuri », il y a un certain temps.
      En anglais, je n’avais pas le choix jusqu’à ce qu’internet me fasse lire tous les jours la presse généraliste (le Guardian surtout) et un peu IEEE Spectrum et qqs bons auteurs en anglais dans le texte (Morozov par exemple, ou Varoufakis dont l’anglais est très imagé, puissant), souvent au détour des aéroports je l’avoue.
      Et ça a relancé ma « machine à vocabulaire alternatif », mes co-auteurs s’en plaignent un peu « non il faut garder un mot simple, ce doit être lisible par un étudiant de master ».
      C’est marrant de voir aussi que mes « trous » en anglais sont « semi-phonétique » : les mots en « wr » à part write : « wry », « wrench », « wreck », »wriggle », »wrinkle ». D’autres sont liés à des nuances (plague/scourge, Paul se souviendra, to stymie/hamper/impede, to unravel/unveil, etc.).

      Pour les ATTRACTEURS, je pensais au travail de Kupiec
      https://www.lemonde.fr/blog/huet/2016/12/27/le-modele-darwinien-dynamite-la-genetique/

      (https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.1002585
      ou à cet article
      https://journals.plos.org/plosbiology/article/file?type=printable&id=10.1371/journal.pbio.2000640

  3. Je n’ai pas lu le livre « tous entrelacés », ce que je ne manquerai pas de faire. Le titre de votre billet et du livre cité me renvoient (sans doute grace au blob) au documentaire « l’intelligence des arbres », dans lequel un des scientifiques déclare que nous en sommes au tout début des recherches qui pourraient bouleverser notre connaissance . J’ai retenu également la citation d’un autre scientifique de dire que »la forêt a réussi le communisme, ce que l’humanité a raté ». Les mécanismes de la vie sont bien différents entre le monde végétal et le monde animal, j’ai cependant la conviction que le « nous à l’image de Dieu » n’est qu’un prétexte pour assurer notre domination tout le contraire de ce que le communisme nous inspire.

    1. « un prétexte pour assurer notre domination »

      Le vivant a connu plusieurs innovations fondamentales, qui « changeaient la donne ».

      Ainsi les premières cellules eucaryotes, pourvues d’un noyau et d’organites. Et encore les premiers êtres multicellulaires. Et puis l’explosion cambrienne. L’apparition d’animaux sociaux au comportement de plus en plus complexe. D’autres innovations encore.

      Plusieurs innovations fondamentales résultent d’adaptations à des catastrophes écologiques provoquées par le vivant existant alors, et qui furent fatales à certaines des formes de vie existant jusqu’alors. Par exemple la Grande Oxygénation il y a 2,4 milliards d’années. Et de toutes façons, l’apparition d’êtres vivants fondamentalement différents « comprimait » toujours ceux qui existaient depuis plus longtemps… leurs niches écologiques se réduisaient, quand encore elles ne disparaissaient pas purement et simplement.

      Que cela nous plaise ou non, la dernière en date de ces innovations fondamentales est l’apparition d’un animal franchissant un saut capacitaire majeur en termes de capacité de communication avec ses congénères, d’organisation sociale et d’évolution technologique. Nous.

      Cet événement est aussi le basculement d’un type d’évolution très majoritairement voire pratiquement exclusivement biologique à un type d’évolution très majoritairement voire exclusivement culturel (1) Ce basculement est peut-être l’essentiel de l’innovation que nous représentons.

      La domination de l’homme sur le reste du vivant n’a pas besoin de prétexte. C’est simplement un fait. Et nous sommes dangereux pour le vivant qui a existé avant nous. Là encore c’est un fait, qui plus est pas très original étant donné que les innovations précédentes étaient dangereuses elles aussi pour ce qui avait existé avant eux.

      La question est ce que nous en faisons. D’autant que contrairement aux formes de vie existant il y a 2,4 milliards d’années nous avons quelque capacité à comprendre qui nous sommes, et encore à faire des choix au moins en partie en fonction de notre compréhension.

      (1) Dit autrement : Hitler avait tort 🙂

      1. « Cet événement est aussi le basculement d’un type d’évolution très majoritairement voire pratiquement exclusivement biologique à un type d’évolution très majoritairement voire exclusivement culturel »
        Exclusivement culturel, je ne crois vraiment pas. Ce ne sera jamais le cas.
        Et puis d’ailleurs, quand se place-t-il ce grand basculement ? À l’apparition du premier homme, mais comment le définir ? À l’apparition de la parole ? À l’apparition de la pensée chinoise, de la philosophie grecque, de la pensée hébraïque ?… Impossible à dire. C’est une lente évolution, avec apparition de nouveaux caractères sans disparition des anciens. Toujours le souk…

      2. Bonjour, la Bible elle-même ne me semble pas plus catholique, elle ne se justifie pas, elle : Genèse 1:26. Puis Dieu dit:faisons l’homme à notre image, selon notre ressemblance, et qu’il domine sur les poissons de la mer, sur les oiseaux du ciel. Genèsesde 9:2. Vous serez un sujet de crainte et d’effroi pour tout animal,…pour tout ce qui se meut sur la terre:ils seront livrés entre vos mains

    2. »la forêt a réussi le communisme, ce que l’humanité a raté »
      ça ressemble à du Chapelle + Servigne « L’entraide, l’autre loi de la jungle » qui remet sur son podium l’anarchiste-géographe fils-de-prince russe Kropotkine !

      (Histoire parallèle trouvable en googlisant, l’origine des pommes, d’un certain Juniper (pas Jupiler comme la bière…) de mémoire vers 2009 dans Pour la science ou assimilé.)

      1. Bonjour ce documentaire du 27/9/17 a été dirigé par Julia Dorbel, avec le cast suivant: DR. Suzanne Simard, Peter Wohlleben, Denise M’Baye, c’est tout ce que sais.

  4. Un souk oui, un souk qui décline tous les articles à l’infini et qui se diversifie de ouf mais qui est dans l’ensemble déficitaire. Eh oui

    1. Déficitaire ? En quoi ?

      Si vous voulez dire en rayonnement solaire… oui c’est vrai, mais il y en a encore pour à peu près cinq milliards d’années quand même 🙂

      1. Ben, il y a des déficits de biodiversité quand un de ces grands malins d’être vivant l’emporte un peu trop fort, du bison au virus.
        Tout va bien quand les grands prédateurs sont rares, et lisent chaque matin Lotka (pour la proie) et Volterra (pour le prédateur).

        (Gasp, bouffée de nostalgie : le magnifique petit musée étrusque de Volterra enchâssé dans la citadelle médiévale et ses falaises de marnes en voie d’écroulement, c’est pas cette année qu’on va le revoir)

      2. Je me suis empressé de commander ce livre sur notre cher Amazon. Merci

        Je parlais de l’entropie! On raconte des fois que c’est une petite perte d’énergie.

        Alors comme le disait quelqu’un d’autre « tout ça pour ça ! C’est trop joli »!

  5. Merci du conseil!

    Je n’en suis pour ma part encore qu’à Schrodinger, qu’est-ce que la vie? Un classique…

    1. Merci, je ne l’avais pas noté, c’est le bon tuyau à donner à ceux dont la librairie est …; covido-fermée et qui ne veulent ni amazon ni ebook (bon, d’accord, reste les autres réseaux, les decitre etc.)

      1. J’ai bien fouillé les sites de livres d’occasion (Le bon coin, Rakuten, Recylivre et, à défaut, Amazon…) mais…rien.

  6. Un grand souk, oui, mais fortement régulé. Comme le dit « daniel » on trouve des neurotransmetteurs ou neuropeptides dans bien d’autres organes que le cerveau. Ils sont exprimés à différents stade de notre développement selon les besoins. On sera surpris de trouver qu’un enzyme nécessaire à leur activation se trouve dans le coeur en concentration nettement supérieure à celle trouvée dans les différentes aires du cerveau. Mais sa fonction est différente. En clair, le potentiel génétique est là mais les fonctionnalités s’ajustent en fonction du de l’ontogénèse et d’un organe à l’autre.

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