Veille effondrement #26 –Il y a bactéries et il y a virus, nuance ! par Timiota

Les souches antibio-résistantes sont connues comme responsable des maladies noscomiales (« de l’hosto » en grec : noso=malade, komio~maison).

Dans ce cas, les souches antibio-résistantes sont sur un terrain « facile » : les gens faibles et immuno-déprimés. C’est ce qui fait qu’elles se multiplient dans l’hosto, et le plus souvent en restent là.

Mais pas toujours : elles finissent par circuler dans la « communauté » (les gens sortent de l’hosto avec, porteurs sains en convalescence, disons ; au début, ces souches ne rencontrent que des gens assez sains et « se désintègrent » (((« elles en restent là »))) …. mais « à force », dans une autre branche du darwinisme ((( l’allopatrie : pour les espèces, elles se séparent de la lignée dans un ailleurs favorable et reviennent bien plus tard s’imposer sur le lieu de départ des ancêtres si avantage dans le bon sens ))), certaines souches survivent dans la population générale dite « la communauté » en langage médical, et finissent par infecter les faibles des hostos quand ils vont à l’hosto pour un bobo quelconque).

Pour les virus, le raisonnement général avec « le temps » comme seul facteur de mutation toutes choses égales par ailleurs semble indiquer qu’il faut diminuer la population de toute façon (donc vacciner), c’est un peu le même type d’aléa stochastique qu’avec la radioactivité : rien ne permet de prévoir le « coup » suivant, on a juste un « temps moyen », et une statistique des « intervalles entre coups » dite Poisonnienne ((( loi de proba en P(t) = (1/T) exp(-t/T) où T est à un facteur ln2 près la demi-vie et \int{P(t)dt}_0^\infty=1 (l’intégrale de P(t) vaut 1, dit en LaTeX ) ))).

Toutefois, dans un monde segmenté, je ne jurerais pas que la conclusion soit automatique, si notamment il y a des yoyos non en phase de taux d’anticorps entre différentes parties du monde, qui ne se connecteraient pas souvent, laissant dans certains coins du « diagramme des phases » des possibilités favorables. Sans doute que c’est contradictoire, pour le monde humain d’aujourd’hui, avec la grande contagiosité, qui va aller de Zanzibar à Albuquerque en peu de semaines de toute façon.

Enfin, il y a une différence de taille avec les bactéries, sur la nature du lego avec lequel joue ces virus.

La spike actuelle vise les récepteurs ACE2. Il est très peu probable qu’un variant s’attaque à un autre récépteur et change la donne. Quand il mute, il a quand même une belle affinité pour ACE2 (son point d’injection ensuite dans la cellule pour aller se faire reproduire, on devrait d’ailleurs toujours dire « se faire reproduire » pour un virus et pas « se reproduire »), et en revanche, il peut trouver une façon de diminuer son affinité avec l’anticorps présenté par le corps (la défense du corps), car l’anticorps n’est pas aussi compliqué ou singulier que ACE2, c’est une « pâle copie » qui leurre bien le plus souvent, mais qui n’est qu’un leurre, donc avec une confirmation pas exactement pareille, et une possibilité de filouter et fuir le contact de ce leurre, tout en fricotant fort avec ACE2.

Pour les bactéries, il y a « sous la main » plein de récepteurs ou de protéines « dans le garage » (leur ADN, pas utilisé en entier, et de format conséquent puisqu’il sait vivre, donc « tout faire », un vrai McGyver). Et en plus elles ont de fortes chance d’échanger des bouts avec des virus qui trainent, tout en gardant le gros de leur nature (vibrion du choléra par exemple, qui ne devient actif qu’en présence d’un phage, un virus à bactérie, si j’ai bonne mémoire, mais n’en reste pas moins un vibrion). C’est cela qui rend la sélection plus méchante, elle opère un cran au-dessus dans la hiérarchie, donc elle a plusieurs machines-outils et ateliers de montages (avec le frein hydraulique ou à câble, pour prendre une image automobile), alors que le virus est un objet qui se fait reproduire en ayant sacrifié aussi son statut hiérarchique ; un sous-prolétaire de l’infection en somme. Son parti communiste n’a donc pas beaucoup de succès, comme dirait Marx, qui attire l’attention sur l’effet de d’ensemble de la bourgeoisie et du prolétariat pour qu’il se passe quelque chose, Marx ne défend pas la possibilité d’un sous-prolétariat de « contaminer » = « faire la révolution », que je sache).

Bref, un peu de méfiance sur les conclusions simples en présence de dynamique spatio-temporelles un peu compliquées, dame nature suivie de Lotka et Volterra nous disent que ce n’est pas du super simple. Toutefois, dans une population qui a arrêté de se barricader à l’échelle de un an, le temps et la vaccination jouent les rôles indiqués par Paul Jorion. Ouf.

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12 réflexions sur « Veille effondrement #26 –Il y a bactéries et il y a virus, nuance ! par Timiota »

  1. On le sait les virus à arn ont des taux de mutation très élevés et plus ces taux sont élevés plus c’est bénéfique au virus.
    Il semblerait que la sélection naturelle ait optimisé le taux de mutation des virus. En effet si le taux de mutation est faible le virus peut être amené à disparaître (ça serait chouette non ? )
    Bref si le virus était adapté à son environnement parfaitement celui-ci (le virus) aurait tout intérêt à avoir un taux de mutation proche de zéro. Mais connaissez-vous la perfection ?
    A l’inverse si un organisme se retrouve dans un milieu qui ne lui est pas favorable il existe une grande quantité de mutations possibles et pour pouvoir les utiliser il faut un taux de mutation le plus élevé possible.
    Nous avons donc affaire à une adaptabilité des virus et là où on voit un grand problème c’est qu’il faille des taux de mutation élevés pour avoir une adaptation rapide des mutations bénéfiques au risque de falloir passer par des mutations délétères.
    Enfin si le taux de mutation est très élevé il y a des erreurs qui apparaissent .
    C’est pourquoi on bascule dans les mathématiques et tout récemment dans l’IA. Mais là je n’en sais pas plus .

    (Propos recueillis auprès de ma nièce qui est docteur en pharmacie dans un grand laboratoire pharmaceutique ) .

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  2. Il ne faut pas utiliser d’argument darwinien pour modéliser covid-19, le milieu c’est nous au premier rang et le reste du vivant ensuite.
    Nous ne constituons pas un milieu stable, nous modifions les propriétés fondamentales de propagation du virus à un rythme beaucoup trop proche de celui auquel il mute.
    D’ailleurs l’Humanité a depuis un certain temps inversé les rôles entre le milieu versus nos qualités en modifiant notre habitat pour plus sûrement disparaître de la surface de la Terre.
    En fait, la famille des variants covid-19 constitue un méta-organisme vivant. Sa densité est très faible, tous les virus sur une balance ne doivent pas peser plus d’une tonne.
    Nous entretenons avec lui un rapport ondulatoire, le vivant primitif entre en oscillation avec celui le plus évolué dans une danse macabre.

    1. En me relisant, j’ai trouvé une représentation darwinesque que je vous soumets.
      Le milieu est constitué des humains, sur ce substrat vit des espèces dont l’ensemble des modes d’organisations humaines, des variétés de cultures, des virus et d’autres trucs comme des langages, ….
      Ces deux espèces sont en compétition pour leur existence, elles mutent et modifient les caractéristiques du substrat à leur avantage.
      La victoire par extermination de l’autre se traduit par sa propre perte (symétrisation pour faire peur), d’où ce que j’ai appelé la danse macabre.

      1. Sans vouloir jurer qu’il n’y a que Stephen Jay Gould en paléo-évolution, il me semble après avoir achevé les 2000 pages de sa touffue « Structure de la théorie de l’Evolution » (faut dire qu’il s’attarde même sur Nietzsche au passage, Barbara Stiegler le ne l’a pas raté là-dessus) que la (sa) vision hiérarchique du darwinisme est celle qui est compatible avec le vôtre.
        En gros, à l’échelle au dessus des individus (les animaux disons pour être clair, quoique vous allez me sortir les fourmis etc.) qui mutent et augmente leur place dans les espèces du moment si meilleur « fitness », il y a les espèces qu’on peut considérer comme individus de rang 2 (et au-dessus, les genres et les clades). Une espèce est-elle capable « d’enfanter beaucoup d’espèces différentes », de façon à se sortir de certaines ornières ) du paysage de fitness (des narses dirait-on dans les Monts rêches du Cézallier) , ornières qu’une espèce unique ne peut pas quitter facilement en mutant dans une seule direction ? Le point est que chaque espèce est enserrée aussi dans un réseau de contraintes héritées de sa forme, de son arsenal biochimique, etc. Aucune chance qu’un éléphant « exapte » (adapte depuis une mutation improbable) des ailes et vole puisque son rapport poids/surface est infiniment défavorable, pour prendre un cas simple. Autant certaines formes sont réalisables à partir de n’importe quelle « recette intérieure » (oiseaux, mammifère et insectes peuvent se ressembler dans les cas limite : chauve-souris/étourneau ou colibri/grand bombyle, des requins et des cétacés peuvent se ressembler), autant certains cas font que les évolutions sont séparées par des murailles de Chine, chez les animaux où les couplages entre squelette, circulation, système nerveux ont atteint une certaine complexité qui empêche d’imiter n’importe quoi.
        Gould pousse jusqu’au genre ou clade ce type de considération (bien que l’échantillonnage se réduise drastiquement à chaque montée de hiérarchie) et c’est un bon point de départ à ce genre de chose, même si ce n’est pas l’alpha et l’oméga.
        Est-il possible de pousser l’analogie vers l’organisation des sociétés ? (« asiatiques » vs. « occidentale » vs. « africaine »), avec des avantages et des blocages évolutifs ? Sans doute est-ce formellement possible, mais le petit père Gould ajoute que la Contingence est le grand maitre de tout cela (il faut dire qu’il écrit son bouquin 12-15 ans après la découverte des Alvarez sur l’Iridium et la confirmation de la météorite comme cause de l’extinction de -64millions (jurassique/trias ? cénozoÏque ? je dois réviser pardon), celle « des dinosaures » qui conférera l’avantage aux mammifères. Avant cela, on avait idée des extinctions mais on les voyait liées à des choses plus graduelles, des plaques qui tectoniquement se séparent ici et s’arriment là, etc.

  3. La résistance bactérienne vient aussi du fait des élevages industriels qui en utilisent aux alentours de 400tonnes par an en France…

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  4. J’ai cru comprendre que l’appartenance des virus au monde du vivant est encore assez largement débattue au sein de la communauté scientifique.
    Les virus auraient-ils donc leur reproduction pour seul  »objectif » ? Ce qui évidemment leur ferait préférer la pure et simple  »colonisation » de milieux vivants. Par conséquent, un animal mort ou un humain mort ne présenterait aucun  »intérêt » pour eux.

    Par ailleurs, il semblerait que des virus peuvent être retrouvés dans tous les écosystèmes où de la vie est présente.
    Dans tous les écosystèmes ? Pour jouer quel rôle  »utile » ?
    Dans un écosystème avec virus peut-on affirmer que certains des maillons aient  »intérêt » à leur présence et à leur perpétuation ? Comme l’oiseau a  »intérêt » à la présence des insectes.

    Je me demande bien où j’ai mis les pieds.
    En tous cas, vous noterez que j’ai pris mes précautions : guillemets et conditionnel.

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    1. Les grands vainqueurs du « jeu de la vie », c’est les bactéries.
      C’est le gros des espèces, et une belle biomasse (1 petit kg dans votre intestin et le mien, la majorité des cellules qui sse trouvent dans le corps humains (les bactéries étant ~ cent ou mille fois plus petits que nos grosses cellules tissulaires par exemple), de la DNA-diversité qui s’y trouve.

      Les êtres évolués (eucaryotes = pluri-cellulaires) sont spectaculairement beaux, malins, et tout (l’hippocampe, l’orchidée), mais n’ont pas du tout, mais vraiment pas supplanté les bactéries.
      C’est que la base d’une « reproduction » reste l’ADN ou le cousin ARN. « Comment » il va se reproduire, c’est très libre. Si vous avez eu connaissance de n’importe quel cycle parasitaire (malaria, fièvre jaune, …), ou du passage larve -papillon dans la chrysalide (morpho-dissolution-recomposition quasi complète), vous voyez qu’il suffit qu’il y ait un cycle quelque part, peu importe que l’usine marche sur un moteur à 2 temps, à 3 temps, à 6 cylindres ou à 5 cylindres (certaines Audi). En algèbre linéaire, on sait par exemple que l’itération n d’une matrice M de la forme M^n*U sur un vecteur U quelconque tend vers le vecteur propre de plus grande « valeur propre » (le facteur R dans le cas du Covid si vous voulez) : dès que quelque chose se reproduit mieux que tout le reste, même si le cycle est compliqué, c’est cela qui arrive.

      Les rois du bricolage adaptatif de l’ADN sont les bactéries. Leur « garage » contient pas mal de chose, mais en plus, ils ont eu le bon goût de laisser trainer des « outils » hors du garage, pas rangés après le dernier vide-grenier. Ces outils sont entre autre les phages, les « virus des bactéries », certaines bactéries pouvant incorporer ou non ces bouts là dans le schéma reproductif.

      Pour comprendre comment c’est arrivé, il faut se dire que l’auto-reproduction a commencé avec un moteur « semi-foireux » à base d’ARN ou la même molécule jouait le rôle de mémoire et de réactif/outil ayant l’affinité nécessaire pour faire « un job ». Il en est resté l’ARNm et l’ARNt (messager qui va du noyau au cytoplasme, et transfert qui capture/recrute les acides aminés spécifiquement codés par chaque codon de 3 bases pour les abouter sur la protéine en cours de synthèse ; et on peut rajouter les organites type mitochondries ou chloroplastes ou ribosomes dans des catégories cousines.
      Pour passer à du « plus robuste aux contingences », dame nature a préféré l’ADN, qui a la vie longue et la peau épaisse, au sens figuré. Sans doute la vie dans la soupe primitive pouvait être plus homogène pendant quelques millions d’années, puis des essais se sont fait avec des associations plus stables de bases nucléotidiques, en mode mixte ou hybride, pour converger vers « l’optimum bactérien ».
      Mais les bactéries ont toujours eu le choix de garder des morceaux hors de leur enveloppe. De fait n’ont eu du succès que les enveloppes où l’extérieur est aussi intéressant que l’intérieur et les échanges sont dans « la bonne proportion » (comme dans Boucle d’Or, pas trop petite, ni trop grande). Une métaphore avec nos économies vous fait en effet comprendre qu’une entreprise se construit une membrane (juridique et physique), avec du capital, mais qu’elle échange bien plus que des nutriments pour de la production « A+B => AB » : il lui faut de la maintenance, du flux de RH (les gens bien vont bosser ailleurs), et dans la vision capitaliste, de quoi faire fruit de l’énergie-aubaine avec plus de savoir et plus de consumérisme. Les bactéries font tout ça à leur façon. Leur banlieues pavillonnaires sont leurs biofilms, les plus échangistes travaillent près de la ressource à l’extérieur (Broadway) et les planquées les plus périurbains dans les placards loin de la surface (1 mm plus loin !), et doivent importer leur nutriment de Broadway par un circuit plus tortueux, tout en pouvant se nourrir du produit de leur voisin des faubourgs, à cheval entre Broadway et la banlieue. Les champignons se sont fait une spécialité d’agir ainsi, en grand intermédiaire filamenteux, eux, plutôt qu’en biofilm, sans doute parce que ce sont des traders d’énergie et de nutriment « long haul » (longue distance), sur des mètres s’il le faut.
      Je conseille encore et toujours le « Tous entrelacés » d’Eric Bapteste (ou ses traces youtub-iennes) Ed. Belin pour ce genre de chose bien mieux expliquées.

      Pour revenir aux virus, il sont donc un peu comme des outils que des bactéries s’amusent à reproduire pour les laisser trainer au cas où (leur côté écureuil collectif), quitte à se faire avoir quand l’outil (phage) abuse de leur machinerie propre. Il faut bien que la vie même aux premiers niveaux aient ses butoirs et ses nonlinéarités. Le mystère qui reste est que la complexité biologique et « spatiale-biochimique » se sont données la main pour produire une forte diversité, et non pas un jeu de 3 ou 4 espèces oscillant comme des modèles simples pourraient le prévoir. C’est un des bouts de l’hypothèse Gaïa et de ce que vous dites : le tout travaille le substrat « de sorte que… » l’extinction n’arrive presque pas, malgré beaucoup d’impasses de beaucoup d’espèces d’un peu tout !

  5. Pour rappel :

    Epidemic scenarios of Delta variant in France in the summer 2021

    Alors que le variant Delta progresse rapidement en France, avec environ 43,2% des cas détectés attribués à la mutation L452R au cours de la semaine 26, des inquiétudes surgissent quant à la situation épidémique estivale à venir, compte tenu également du ralentissement signalé des vaccinations. Ce bref rapport vise à présenter une gamme de scénarios épidémiques possibles, selon différentes hypothèses sur les scénarios d’administration de vaccins pendant l’été, les conditions de contact, de saisonnalité et de mesures préventives, et en considérant différentes estimations d’avantage de transmissibilité des variantes préoccupantes.

  6. lire « donc avec une configuration par exactement pareille » et non « donc avec une confirmation par exactement pareille » (désolé), à la fin de l’avant-dernier paragraphe.

  7. Peut-on avancer que l’un des virus  » dormant  » jusqu’à lors dans le plus secret et le plus intime des territoires du monde sauvage s’est — ou bien a été — libéré ?
    Des centaines d’autres nous a appris l’OMS dernièrement attendraient leur heure.
    Sont-ils les outils dont le vivant aurait besoin pour infléchir la trajectoire létale dans laquelle une espèce, la nôtre, l’a engagé ?

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